社内SEの担う仕事は、主に社内システムの開発や構築です。顧客のクレーム対応をしたり従業員がシステムを利用する際に相談相手となったりするヘルプデスクは、メインの業務ではありません。
社内SEは社内システムの開発や構築に大きな労力を費やすので、その他の業務までは手が回らないのが現状です。こうした会社のヘルプデスクの業務は外部に委託し、社内SEは社内システム開発に専念することになるケースが多いと言えるでしょう。

これに対して院内SEは、新規の院内システムの開発を手がけることはほとんどありません。電子カルテの管理や診療報酬請求事務など、病院運営に必要なITシステムは画一的であり、各病院で独自の院内システムを開発する必要性は低いためです。
また、院内SEは、ヘルプデスクとして重要な役割も果たします。
病院では医師や看護師をはじめ、医療事務や検査技師など様々な業種のスタッフが院内システムを利用しているので、このような病院職員が院内システムをスムーズに利用できるよう、院内SEが相談に乗る必要があります。
病院職員からの問い合わせとは、パソコンの操作方法やプリンターの扱い方などです。基本的な知識があれば対応できるケースが多いので、社内SEのように社内システム開発に必要な高度の専門的スキルを求められることはないでしょう。
なお、顧客からのクレームをヘルプデスクが対応する会社と異なり、院内SEは院外の患者などからの問い合わせに対応する必要はありません。

ここでは院内SEについて簡単に説明しましたが、さらに詳細を知りたい人は『院内SEで活躍したい！』というサイトも覗いてみてください。